Растительность на Мальте буйно растет и цветет зимой, а летом выгорает на солнце. Поэтому лучшее время для прогулок по паркам и рощам Мальты — зима и весна. Когда-то на Мальте росли стройные высокие пальмы, густые субтропические леса. Ныне растительность естественной природы, на первый взгляд, кажется неброской и небогатой, больше пустынной, но в действительности флора мальтийских островов довольна разнообразна. Здесь произрастает около 1200 видов растений. Среди них опунция ( лат Opuntia) растет везде и в изобилии. Эти колючие растения с мясистыми листьями высаживают по границам полей, чтобы предохранить почву и урожай от ветра. Опунция красиво цветет, а потом ее так же красиво украшают шарики желто-оранжевого цвета – плоды, из которых мальтийцы варят варенье и делают очень вкусный ликер, считающийся национальным напитком. На Мальте растет несколько видов кактусов. Есть огромные, до 10-15 м в высоту. Агавы выбрасывают высоко вверх древесные стрелы, несущие на себе цветы.
Апельсиновые и лимонные рощи, виноградники — все это напоминает южную Европу. Особенно много их высажено в центральной и юго-западной части острова. Из деревьев, часто встречающихся , растут средиземноморская ива, сандараковое дерево, сосны, пальмы. Кустарники самые разнообразные. Большой выбор разнотравья. Есть и эндемические (произрастающие только на Мальте и нигде более) виды растений, всего их не менее 21 вида. Некоторые из них являются реликтами, т.е. растениями , сохранившимися со времен доледниковой средиземноморской флоры. Такие растения называют палеоэндемиками. Самые главные палеоэндемики Мальты – это скальная марь, мальтийская палеоцентаурея (национальное растение Мальты), мальтийское соляное дерево. Это уникальные растения: нигде в мире нет родственных растений этим мальтийским видам, хотя внешне вы вряд ли это поймете, если вы не специалист. Вот, например, палеоцентаурея. Замысловатое название, а похожа на обычный, всем известный василек. Но ученые утверждают, что это древнее, более примитивное, чем василек, растение. Или еще: мальтийская скальная марь – это примитивная лебеда. Растения палеоэндемики ценны тем, что по ним можно видеть, как эволюционно развивалось растение. Другие эндемики Мальты сформировались в более поздние периоды, когда мальтийский архипелаг уже отделился от континента. Такие растения называются неоэндемиками. К ним относится мальтийский кермек, анакамптис (мальтийская пирамидальная орхидея) и мальтийская морская ромашка. Конечно, все они имеют родственные виды в Европе, но отличаются от них некоторыми особенностями, поскольку развивались (эволюционировали) в условиях полной изоляции от континента.
К эндемикам фауны на Мальте относятся эндемическая ящерица и гозитанская землеройка. Знаменитая мальтийская ящерица – эндемик мальтийских островов. Существует четыре рода этой рептилии, и они являются эндемиками разных островов архипелага. Так, на островах Мальта, Гозо и Комино живет эндемическая ящерица melitensis, на острове Филфла — filfolensis, на острове св. Павла — kieselbachi и на маленьком Фунгус Рок (острове — скале у побережья Гозо) есть свой эндемик — generalensis. Родственные виды мальтийской ящерицы встречаются также в странах южной Европы и восточной Адриатики. Два вида землероек можно найти в настоящее время на островах Мальтийского архипелага. Это карликовая землеройка, которая появилась на островах очень давно, и белозубая землеройка, которая живет только на Гозо и является эндемиком. Эта землеройка считается потомком вымершей гигантской землеройки эпохи плейстоцена, поселившейся на островах еще до появления на них человека. Современные потомки гигантской землеройки отличаются от нее разве что размерами. Гозитанскую землеройку назвают калипсо (calypso).Это один из немногих видов животных, живущих на Земле со времен плейстоцена.
Осенью и весной на архипелаге останавливаются перелетные птицы. Местные виды птиц представлены чайками , овсянками, пересмешниками, славками. У побережья водятся тунец, макрель, скумбрия, кефаль, пеламида, сибас и другие виды рыб, а также разнообразные моллюски, головоногие и членистоногие. Осторожными надо быть купальщикам в отношении морских ежей, которых здесь много на каменистых пляжах.
Иногда к побережью приплывают дельфины, а к юго-западу от островов можно встретить занесенного в Красную книгу средиземноморского тюленя-монаха.